WhiskyCmdしても何も起きなかったのですが、今brewでインストールされるバージョンではfixされていませんでした。
WhiskyCmd: fix the run command #1264
次のバージョンですね。
WhiskyCmdの使い方
/Applications/Whisky.app/Contents/Resources/WhiskyCmd run DualSPHysics /Volumes/mac/FreeCAD/5638EAAF-869F-4044-A1B2-CE6F6B949E8A/drive_c/windows/system32/notepad.exe